SEO y SEM se diferencian básicamente en que el primero es gratis y el segundo es de pago. El posicionamiento SEO natural, orgánico o gratuito en motores de búsqueda se basa en el ranking que obtiene una página web en los resultados de los buscadores como Google. En SEO cada algoritmo, dependiendo del buscador (Google, Bing, etc…) otorga una posición a una página web en los resultados de búsqueda, dependiendo de la relevancia de está pagina en todo Internet en relación a las palabras escritas en el buscador. Por ejemplo: si buscamos Curso Web 2.0 en Google, la primera posición gratuita en los resultados es para cursoweb20.net, eso significa que según los criterios del algoritmo de Google, cursoweb20.net es la página más relevante para las palabras «curso web 2.0».

En SEM no ocurre lo mismo. En SEM o Marketing en Buscadores, los resultados de la parte superior y de la barra lateral derecha son anuncios pagados, como es el caso de Google Adwords. Es decir, si quisiéramos aparecer en los anuncios de Google, deberíamos abrirnos una cuenta en Google Adwords y crear una campaña para aparecer en los anuncios patrocinados como puede verse en la siguiente imagen.